W systematyce świata żywego, którą zaproponował Carl Woese, domena stanowi najwyższą jednostkę (kategoria systematyczna), mogącą obejmować królestwa. Woese wyróżnił trzy domeny (taksony).
- bakterie (Bacteria)
- poza właściwymi bakteriami obejmującą też sinice i prochlorofity
- archeowce (Archaea) - obejmującą organizmy prokariotyczne o budowie wyraźnie odmiennej od bakterii
- jądrowce (Eukarya) - obejmującą ok. 60 niezależnych linii rozwojowych zgrupowanych prowizorycznie w 4 królestwa:
- pierwotniaki (Protista)
- grzyby (Fungi)
- rośliny (Plantae)
- zwierzęta (Animalia)
Podział ten został dokonany jedynie na podstawie porównania sekwencji rRNA, ale następnie znaleziono liczne fakty pasujące do niego. Z punktu widzenia biochemii i fizjologii komórek archeowce są bardzo odmienne od bakterii właściwych. Niektóre cechy zbliżają je do jądrowców.
Istnieją też alternatywne podziały, np. na cesarstwa. Niektórzy systematycy są zdania, że rozdzielanie prokariontów na dwa taksony wysokiej rangi nie jest wystarczająco uzasadnione (np. Lynn Margulis), bo mimo znaczących różnic biochemicznych są one jednak znacznie bardziej podobne do siebie niż do organizmów jądrowych. Wynika to z uznania planu budowy komórki za istotniejszą cechę systematyczną niż cechy biochemiczne – szczególnie że cechy biochemiczne mogą być „wymieniane” między nawet odlegle spokrewnionymi organizmami poprzez poziomy transfer genów.
Zobacz też: Drzewo życia.