Ruch Wychodzenia z Bezdomności Markot powstał na bazie eksperymentu osad Victoria Kotan, na przełomie lat 80. i 90. XX wieku.
Pierwsza tego typu placówka uruchomiona została w miejscowości Lutynka, druga w Jelenim Ruczaju. Kolejną była Art-Eko Szkoła Życia w Wandzinie.
Instytucjonalną formułę Ruchu Markot nadano placówkom pomocowym dla bezdomnych w 1994 r. W tym samym roku, w Warszawie, przy ul. Marywilskiej 44, powstało pierwsze Centrum Pomocy Bliźniemu Markot-3. Na przełomie lat 1990-2000, ponad 50% miejsc noclegowych dla bezdomnych w skali kraju pozostawało w gestii Markotu.
Struktury Ruchu Markot były bazą dla dziesiątek inicjatyw społecznych. Do najbardziej dynamicznych należała Serc Pospolite Ruszenie - akcja pomocy ofiarom powodzi w 1997 roku. Rok wcześniej szef Monaru i Markotu, Marek Kotański, proklamował na 14 kwietnia Dzień Ludzi Bezdomnych oraz ustanowił honorowe wyróżnienie Przyjaciel Ludzi Bezdomnych.